Tallinnan suomalaisen koulun toimintaa ohjaavat niin Suomen kuin Viron lait. Pääsääntöisesti noudatetaan Viron lainsäädäntöä, mutta koulutuksen järjestäminen ei saa olla ristiriidassa Suomen lakienkaan kanssa (perusopetuslaki 1998/628, yhdistyslaki 1989/503, laki valtion ja yksityisen järjestämän koulutuksen hallinnosta 1998/634).
Virolais-suomalaisen sekakomitean päätöksen (1.1-8/491 15.05.2009) §4 mukaisesti Virossa toimivien suomalaisten koulujen opetustyöhön ja hallintoon sovelletaan Suomen lainsäädäntöä.
Koulun toiminnasta määrätään myös johtosäännöllä, johon voit tutustua tästä linkistä.